أولا الإدارات العامة:
(1) الإدارة العامة للتخطيط والسياسات والتوعية البيئية:
- إدارة التخطيط والسياسات
- إدارة البحوث والمعلومات
- إدارة التوعية والإعلام
(2) الإدارة العامة للرقابة البيئية:
- إدارة التفتيش البيئي
- إدارة تقييم الاثار البيئية والاجتماعية
- إدارة السلامة الاحيائية
(3) الإدارة العامة لاستدامة الموارد وحماية التوازن البيئي:
- إدارة التنوع الحيوي
- إدارة مكافحة التصحر
- إدارة البيئة البحرية
(4) الإدارة العامة للتصدي لتغير المناخ والكوارث الطبيعية والنفايات:
- إدارة التصدي لتغير المناخ
- إدارة الأزمات والكوارث الطبيعية
- إدارة معالجة النفايات ومكافحة التلوث
(5) الإدارة العامة للموارد البشرية والمالية:
- إدارة الموارد البشرية
- إدارة الموارد المالية
- إدارة الشئون الإدارية والخدمات
ثانياً الأمين العام والوحدات التابعة له:
- المكتب التنفيذي
- التنسيق والمتابعة (التنسيق الولائي ,التنسيق مع الوزارات ومنظمات المجتمع المدني)
- المستشار القانوني
- العلاقات العامة والعلاقات الدولية
- المراجعة الداخلية
- التدريب وبناء القدرات
- الجودة والتطوير الاداري
- مركز المعلومات