أولا الإدارات العامة:

(1) الإدارة العامة للتخطيط والسياسات والتوعية البيئية:

1. إدارة التخطيط والسياسات
2. إدارة البحوث والمعلومات

• إدارة التوعية والإعلام

(2) الإدارة العامة للرقابة البيئية:

• إدارة التفتيش البيئي
• إدارة تقييم الاثار البيئية والاجتماعية
• إدارة السلامة الاحيائية

 (3) الإدارة العامة لاستدامة الموارد وحماية التوازن البيئي:

1. إدارة التنوع الحيوي
2. إدارة مكافحة التصحر

• إدارة البيئة البحرية

(4) الإدارة العامة للتصدي لتغير المناخ والكوارث الطبيعية والنفايات:

1. إدارة التصدي لتغير المناخ
2. إدارة الأزمات والكوارث الطبيعية
3. إدارة معالجة النفايات ومكافحة التلوث

(5) الإدارة العامة للموارد البشرية والمالية:

1. إدارة الموارد البشرية
2. إدارة الموارد المالية

• إدارة الشئون الإدارية والخدمات

ثانياً الأمين العام والوحدات التابعة له:

• المكتب التنفيذي
  • التنسيق والمتابعة (التنسيق الولائي ,التنسيق مع الوزارات ومنظمات المجتمع المدني)
• المستشار القانوني
• العلاقات العامة والعلاقات الدولية
• المراجعة الداخلية
• التدريب وبناء القدرات
• الجودة والتطوير الاداري
• مركز المعلومات